Menn og kvinner i Sjøorganisasjonen (Sea Org) har lov til å gifte seg, men hvis de ønsker å få barn, gjør de det utenfor Sjøorganisasjonen.
Sjøorganisasjonen er en forholdsvis ny religiøs orden som ble grunnlagt i 1967, og var inntil 1976 plassert på sjøgående fartøyer uten små barn om bord. Da Sjøorganisasjonen flyttet på land i 1976, hadde den ikke hatt noen erfaring med barn, men da medlemmer fødte barn, skaffet ordenen fasiliteter til å huse dem. Etter ti års erfaring med barn, i 1986, hadde det vist seg at tjeneste for et medlem av Sjøorganisasjonen ikke var forenelig med oppdragelse av barn. For eksempel skal et medlem av Sjøorganisasjonen fritt kunne reise på kort varsel, og noen ganger i lengre perioder, hvilket ikke er forenelig med foreldrerollen.
Derfor ble regelen fastslått i 1986 at Sjøorganisasjonens medlemmer som ønsker barn, vil få en permisjon fra ordenen, inntil deres barn nådde myndighetsalderen. I denne forbindelsen er Sjøorganisasjonen ikke annerledes enn andre religiøse ordner.
Det betyr ikke at den enkelte på noen måte ikke lenger er medlem av Kirken. Personen ville bare fortsette som Scientologist utenfor en stabsstilling som Sjøorganisasjonsmedlem, uansett hva hans valgte karriere kunne være. Når deres barn er voksne, eller har nådd alderen til selv å velge å tilslutte seg Sjøorganisasjonen, er foreldrene velkommen til å vende tilbake til Sjøorganisasjonen.
For Sjøorganisasjonsmedlemmer som hadde barn før policyen for den religiøse orden ble endret i 1986, ble skolefasiliteter bygget for ordentlig å utdanne og sørge for barna. Som eksempel hadde den internasjonale Scientology Kirken i flere år drevet private kostskoler for barn av Sjøorganisasjonsmedlemmer i Riverside og Los Angeles fylker. Sjøorganisasjonen sørget likeledes for skolegang for barn av Sjøorganisasjonsmedlemmer i Florida og New York, samt på Sjøorganisasjonens fasiliteter utenfor USA. Hvert barn som gikk på disse skolene, ble sendt dit etter anmodning fra dets foreldre.
I dag, hvis en person med mindreårige barn ønsker å delta i Sjøorganisasjonen, må barna kvalifisere seg for Sjøorganisasjonen og ønske å tilslutte seg etter sin egen determinisme. Minimumsalderen for Sjøorganisasjonens medlemmer er generelt minimumsaldersgrensen i den pågjeldende staten eller landet som en person har lovlig tillatelse til å arbeide i. Scientology Kirken overholder alle barnearbeidslover og ingen mindreårige Sjøorganisasjonsmedlemmer har lov til å utføre oppgaver eller til å arbeide flere timer enn loven tillater.
Mindreårige kan frivillig tilslutte seg Sjøorganisasjonen med samtykke fra en av foreldrene eller en verge, som er godkjent av foreldrene. Så snart personen er i Sjøorganisasjonen, og hvis den mindreåriges foreldre ikke også er medlemmer av Sjøorganisasjonen, skal den mindreårige så i tillegg ha tildelt en verge, godkjent av sine foreldre.
Skolegang blir gitt på Sjøorganisasjonens anlegg for yngre Sjøorganisasjonsmedlemmer, som ennå har behov for å fullføre utdannelseskrav. Disse er yngre Sjøorganisasjonsmedlemmer, som ellers er i en alder der de får lov til å arbeide, hvilket som regel er fra 16- til 18 års-alderen. Hvor lokale lover regulerer antallet timer en mindreårig kan arbeide, er vedkommendes arbeidstid justert i overensstemmelse med dette. Hver jurisdiksjon er forskjellig. Skolegang blir gitt i det lovpålagte antallet timer.
